申請進入自然保留區許可辦法（以下簡稱本辦法）於九十五年一月六日訂定發布，並於一百零六年十月二十六日修正。茲配合海洋委員會於一百零七年四月二十八日成立，海域之自然地景、自然紀念物業務於一百零八年十二月三十一日完成移撥海洋委員會主管，農業部主管之自然地景、自然紀念物以陸域（含淡水水域）為範圍，為使本辦法之適用範圍與實際業務執行相符，應修正本辦法之適用範圍為陸域（含淡水水域）。又為維護陸域自然保留區之生態完整性，避免因人為、任意之餵食行為導致遊蕩動物群聚，並造成野生動物覓食行為改變及破壞生態平衡等情形，應管制於自然保留區內餵食動物之行為，爰修正本辦法第一條之一、第八條，名稱並修正為「申請進入陸域自然保留區許可辦法」，其修正要點如下：
一、增訂本辦法適用範圍為陸域（含淡水水域）之自然保留區。（修正條文第一條之一）。
二、增訂經許可進入陸域自然保留區之人員，禁止餵食動物，並明定該等動物為合格導盲犬、導聾犬、肢體輔助犬或其幼犬、執勤犬或訓練犬，例外得餵食之規定。（修正條文第八條）。